头孢哌酮与头孢曲松钠都属于第三代头孢菌素类，这两种抗菌素没有绝对的哪个抗菌效果好，只是各自的抗菌谱，作用时间，体内分布以及副作用不同，在感染不同的病原菌，感染部位不同的时候需要根据各自的特点去选择。
这两个头孢哌酮与头孢曲松临床上主要用于革兰氏阴性菌的感染，比如大肠埃希菌，肺炎克雷伯，阴沟肠杆菌等引起的肺部感染，腹腔感染都有较好的疗效。但是头孢哌酮对产β内酰胺酶的细菌稳定性差，很容易失效，所以通常都是将头孢哌酮与舒巴坦制成复方制剂，从而对一些产酶细菌有高度的抗菌活性。头孢哌酮舒巴坦对一些耐药菌的抗菌作用要强于头孢曲松，比如绿脓杆菌，鲍曼不动杆菌等院内多重耐药菌引起的肺部感染，可以使用头孢哌酮舒巴坦与其他抗菌药物联合（如左氧氟沙星，阿米卡星等）。
头孢曲松的半衰期长达8个小时，所以每天使用一次即可长时间抑制和杀灭细菌，而头孢哌酮的半衰期为2个多小时，所以它应该每天多次给药，才能维持稳定的杀菌浓度。头孢曲松主要经过肝肾双通道排泄，所以对于轻度的肝或肾功能不全，可不用调整剂量。头孢哌酮主要经过胆道排泄，在肝功能损害时需要减量使用。
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头孢曲松和头孢哌酮都是临床上常用的第三代抗菌药物，都是注射剂型，且还要常用的加酶抑制剂，即头孢曲松舒巴坦和头孢哌酮他唑巴坦。
一、两种药物的抗菌谱相似
第三代头孢菌素与第一代头孢菌素比较，第三代头孢菌素对大多数革兰阳性菌的活性较差，且对肠球菌和李斯特菌属、耐甲氧西林的葡萄糖球菌和不动杆菌没有抗菌活性，对青霉素的敏感呈中介的肺炎球菌，但对青霉素完全耐药的菌株常常对第三代头孢菌素也耐药。
二、不同点：
两种药物给药频次不同，头孢曲松的半衰期长，可以一日一次给药，头孢哌酮则需要一日给药2次或是给药3次。不良反应和注意事项不同，具体可以参加说明书。
三、到底哪个药效果更强呢？
其实没有哪个药物更强，只有哪个药对哪个细菌更敏感，所以临床在选择抗菌药物时经常会参考药敏试验，即针对那一个细菌哪个药物是敏感还是耐药的。并且不同的人群还要参考药物的作用特点，药物的药理作用、药代动力学和药物的不良反应等，以及人群的特点，比如头孢曲松在脑脊液的浓度更高，更容易通过血脑屏障，所以对颅内感染的患者可以优先选择头孢曲松。对于胆汁的感染，可以优先选择头孢哌酮，因为其在胆汁中的浓度高，所以没有那个药物更强，只有哪个药物更适合哪个人，也就是治疗的个体化。
首先头孢曲松钠和头孢哌酮钠都同属于β内酰胺类的抗生素，头孢曲松钠和头孢哌酮钠都属于第三代头孢类药物，但是这两种药物的作用以及副作用都是各有所异的，并非那个更强，各有各的优缺点。
头孢曲松钠对于肺炎杆菌、吲哚阳性变性杆菌、大肠杆菌、流感杆菌、淋球菌等细菌作用很强，但是对于金黄色葡萄球菌、链球菌、肺炎球菌等细菌的作用一般，对于假单胞菌也有一定的作用，临床主要是用于呼吸道感染、皮肤及软组织的感染、泌尿系统感染及淋病的治疗。
头孢曲松钠主要是通过抑制细菌细胞壁的合成发挥抗菌作用，但是头孢曲松钠副作用大，而且有致死的报道，因此头孢曲松钠这类抗生素的应用还是要注意。
头孢哌酮钠主要是对大肠埃希菌、沙门菌、克雷白菌、志贺菌、铜绿假单胞菌等细菌有很好的作用，但是对于产气肠杆菌、不动杆菌作用极差，对葡萄球菌作用一般。临床主要用于呼吸道感染、皮肤及软组织感染、败血症及脑膜炎的治疗。
头孢曲松钠和头孢哌酮钠的作用机制是一样的，而且副作用也是一样，因此要根据细菌属性来具体用药，不同的细菌所用的药物也是不同的。
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